華やかなウォーターフロントの中心に建設された、超高層展望ビル「クローバーヒルズ」。
島全体のコントロールを担う制御塔でもあるクローバーヒルズのセントラルタワーでは、オープニング１周年イベントが催され、ウォーターフロントは多くの人で賑わいを見せていた。

その人波の中に、コナン・ファミリーの姿もあった。
事件の相談を受けた小五郎とコナンと蘭は、依頼主の待つ水族館に。
少年探偵団と灰原は都市伝説を追いかけて、ビルの非常階段に。
服部と和葉はテレビ局の公開スタジオに出演している。

――そんな中、突如起こった巨大な爆発。
ウォーターフロントから本土へ続く橋が爆破されたのだ。
驚愕するコナン達は、自分達が本土から孤立した事を知る。

同時に各種マスコミに、犯行声明とクローバーヒルズにいる全員を人質にしたと脅迫メールが送られる。

クローバーヒルズは乗っ取った……。
自分達の目的が達せられない場合、
人質ごとクローバーヒルズを海に沈める。

焦る目暮たち、警視庁の面々。

コントロールを失ったクローバーヒルズは混乱し、様々なエリアで次々と凶悪事件が巻き起こる。
クローバーヒルズに、邪悪な意図を抱いた集団が存在する……

最早、コナン１人で立ち向かう事は不可能。
小五郎､平次､蘭､和葉､園子､少年探偵団､警視庁の面々､怪盗キッド……
この混乱を鎮めるためには、彼ら全員の協力が必要だ。
コナン達が相手にするのは、１人の犯人ではない。

彼らの目的は一体、何なのか？
コナン達はその目的を突きとめ、彼らの犯行を食い止める事ができるのか？

こうして今、
コナン・ファミリーと犯人グループとの
戦いの幕が切って落とされた。